ورود به حساب کاربری

نام کاربری *
رمز عبور *
یاداوری

شیمی محاسباتی، مکانیک مولکولی،مقایسه پیاده سازی های میدان نیرو

امتیاز کاربران

ستاره غیر فعالستاره غیر فعالستاره غیر فعالستاره غیر فعالستاره غیر فعال
 

شیمی محاسباتی

شاخه‌ای از دانش شیمی است که از روش‌های ریاضی و مفاهیم فیزیکی برای توجیه و تفسیر پدیده‌ای شیمی استفاده می‌کند. هدف اصلی در این رشته بدست آوردن ساختارهای بهینه، خواص شیمی فیزیکی و واکنش‌پذیری ترکیبات شیمیایی با استفاده از روش‌های نظری است. محاسبات با روش‌های آغازین و روش‌های مبتنی برا اطلاعات آزمایش‌های تجربی است. محاسبات در این رشته علمی به کمک رایانه انجام پذیر است. از این رشته به‌گستردگی در تمامی شاخه‌های شیمی، بیو شیمی و داروسازی استفاده می‌شود.

 

روش‌های محاسباتی تاکنون روش‌های محاسباتی بسیاری برای حل مسائل شیمی ابداع شده‌است. این روش‌ها از قوانین مکانیک کوانتوم، مکانیک کلاسیک یا ترکیبی از آن‌ها برای حل مسائل استفاده می‌کنند. انتخاب روش مناسب برای انجام محاسبات به نوع و بزرگی ساختار مورد مطالعه و همچنین نوع اطلاعاتی که مورد نیاز است بستگی دارد. اغلب این روش‌ها را می‌توان به صورت زیر طبقه‌بندی کرد:

  1. روش‌های شیمی محاسباتی
  2. روش‌های مکانیک مولکولی
  3. روش‌های ساختار الکترونی
    • روش‌های نیمه تجربی
    • روش‌های از آغاز
    • روش‌های نظریه تابع تابع
  4. روش‌های شبیه‌سازی دینامیک مولکولی
    • شبیه‌سازی دینامیک مولکولی کلاسیک
    • شبیه‌سازی دینامیک مولکولی کوانتومی
      • روش بورن اپنهایمر
      • روش کار-پارینلو

 

 

مکانیک مولکولی

[molecular mechanics, force-field method] [شیمی] روش تجربی محاسبۀ پویایی شناسی مولکولی که در آن پیوندهای میان اتم ها به شکل فنرهایی مطابق با قانون هوک (Hooke's law) نمایش داده می شود.

 

  •  مبتنی بر مدل توصیفی توپ و فنر است
  • معرف بهتری برای تعادل هندسی نسبت به مدل‌های پلاستیک است.
  • قادر است تا روابط همبستگی با انرژی کرنشی را لحاظ کند.
  • محاسبات آن کم هزینه است.
  • پارامترهای تجربی فراوانی وجود دارد که می‌بایستی به دقت آزمایش و کالیبره شود.
  • این مدل به تعادل هندسی محدود شده است.
  • برهم‌کنش‌های الکترونی و ساختار الکترونی را لحاظ نمی‌کند.
  • اطلاعاتی مبنی بر «خواص» و «واکنش پذیری» نمی دهد.
  • قادر به لحاظ کردن و درک برهم‌کنش‌های ایجاد و شکست پیوندها نمی‌باشد.

 

 

مقایسه پیاده سازی های میدان نیرو

این یک جدول برنامه های کامپیوتری است که میدان های نیروی مکانیک مولکولی را پیاده سازی و اجرا می کنند.

 

Program OPLS AMBER CHARMM GAFF MMFF QVBMM UFF Comments
Abalone UA 94, 96, 99SB, 03, GS, ii, Automatic FF generator No No No No UFF-Dreiding-like field For proteins, DNA, ligands
ACEMD Yes Yes Yes Yes No No No  
AMBER Yes Yes Via chamber tool since v11 Yes No No No  
ArgusLab No Yes No No No No Yes Addition to quantum chemistry
Ascalaph Designer UA 94, 99SB, 03 No No No No No  
Avogadro No No No Yes 94, 94s No Yes  
Balloon No No No No 94 No No MMFF94-like
BOSS Yes No No No No No No  
CHARMM Yes* Yes* Yes* Via CHARMM-GUI Full MMFF94, but code rumored unmaintained No No * in standard distribution
chemkit Yes Yes No No Yes No Yes  
Gabedit No Yes No Yes Yes No No  
Gaussian mm utility No Yes No No No No Yes Dreiding field available
GROMACS Yes Yes* Yes* Yes No No No * in standard distribution since v4.5.0
HyperChem Yes Yes As BIO+ implementation No No No No MM+ available
MOE AA 89, 94, 99, also with Extended Hückel Theory 22, 27 No 94(s) No No  
NAMD Yes Yes Yes Yes No No No  
StruMM3D (STR3DI32) No No No No No Yes No Molecules and clusters
Q Yes Yes Yes No No No No For biopolymers
Tinker UA, AA, AA/L 94, 96, 98, 99 19, 27 No No No No For proteins, organic molecules
Towhee UA, AA 86 19, 22, 27 No 94 No Yes Monte Carlo
Yasara No 94, 96, 99, 03 No No No No No Plus custom fields for hires refinement

 

 

---------------------------------------------

منابع : ویکی پدیا ، dictionary.abadis.ir ، ستاد ویژه توسعه فناوری نانو

شرکت دانش بنیان رایانش سریع هزاره ایرانیان به منظور طراحی، ساخت و گسترش کاربردهای رایانش سریع در علوم مختلف پایه گذاری شده است. این شرکت به دنبال ایجاد بستری با ظرفیت محاسباتی و ذخیره سازی بالا مبتنی بر CPU و GPU می باشد تا بتواند از آن طریق سرویسهای متعددی را به محققین، اساتید، دانشجویان تحصیلات تکمیلی و سایر علاقه مندان این حوزه ارائه نماید.

 

سایت مرتبط : " بنیاد توسعه رایانش سریع و ابری "

 

 

آخرین مقالات

کامپایل و نصب mfix-2016.1

درک عملکرد دستگاه های انرژی، محیط زیست و فرایندها...

مدیریت خصوصیات صف در کلاس...

 لیست زیر ,ویژگی های صف را نمایش می دهد : acl_grou...

AMD از رویکرد طراحی تازه‌...

AMD چند روز پیش به‌صورت رسمی از رویکرد طراحی جدیدی...

دومین جلسه meet up:مقدمه...

فهرست : توضیح مختصر از توسعه ی کلودسیم نصب کلودسیم...

نرم افزار Multiwfn

Multiwfn نرم افزاری قدرتمند برای آنالیز تابع موج ا...

بزرگترین استارتاپ‌های چین...

هوش مصنوعی و صنایع رباتیک یکی از پرطرفدارترین حوزه...

نرم افزار ترسیم ساختار سط...

نرم افزار Molekel نرم افزاری برای ترسیم ساختار و س...

اتحاد Cloudflare با شرکت‌...

استارتاپ کلادفلیر با ایجاد اتحاد جدیدی با شرکت‌های...

A Guide to High Performan...

In the world of HPC, on-premises infrastructure i...

نرم افزار مدل سازی مولکول...

نرم افزار جی‌مول (Jmol) نرم‌افزاری متن‌باز و نوشته...

۱۰ نرم افزار پرکاربرد رشت...

مهندسی شیمی (به انگلیسی: Chemical engineering) شاخ...

راه اندازی و نصب کسندرا ب...

در این مقاله به راه اندازی و نصب کسندرا بر روی چن...

HPC Cloud Drives Innovati...

High performance computing is about solving the w...

معرفی DataStax پلتفرمی بر...

معرفی: شرکت دیتا استکس، یک فروشنده نرم افزار های...

معرفی و لینک دانلود نرم ا...

ChemDoodle برنامه ای مخصوص برای طراحی ساختار های ش...

هفت مورد از بهترین نرم اف...

3D modeling software are powerful tools that help...

فناوری بلاک‌ چین: راهی من...

کاربردهای بلاک‌چین محدود به بیت‌کوین نمی‌شود. انقل...

آموزش کد محاسباتی سیستا (...

در این آموزش به بررسی خواص ساختاری جامد سیلیکون پ...

کمپانی Nvidia معماری جدید...

Your browser does not support the video tag. کمپا...

آموزش سیستا-چگونه یک فایل...

شبه پتانسیل مورد نظر خود را برای کد سیستا با استف...

شبیه سازی مولکولی بر روی...

شبیه سازی مولکولی بر روی GPU1 تکنیک استفاده از واح...

چرا یادگیری زبان اسکالا و...

تقریبا اکثر قریب به اتفاق برنامه‌نویسان به این حقی...

شیمی محاسباتی، مکانیک مول...

شیمی محاسباتی شاخه‌ای از دانش شیمی است که از روش‌ه...

Watch "Jakub Kurzak...

یکی از کتابخانه های پرکاربرد در نرم افزارهای محاسب...

Video: Large Scale Traini...

In this video from PASC18, Jakub Tomczak from the...

راهنمای برنامه نویسی در M...

This publication is part of a developer guide focu...

روش های تشخیص زبان در متن

تشخیص زبان یک متن، یکی از اولین گام ها به سوی متن...

قطعه بندی متون فارسی (tok...

قطعه بندی متن (Tokenizer) به روش های تشخیص زبان در...

یک برنامه هوش مصنوعی می‌ت...

در جدیدترین نوع رقابت بین انسان و ماشین، از یک سیس...

کامپایل OpenFOAM-5.0 با I...

حداقل ورژن نیازمندیها : gcc : 4.8.5 cmake : 3.3 (م...

گالری تصاویر