Gromacs

گرومکس ماشین گرونینگن برای شبیه‌سازی‌های شیمیایی (Groningen Machine for Chemical Simulations)

گرومکس یک مجموعه دینامیک مولکولی است که عمدتاً برای شبیه‌سازی پروتئین‌ها، چربی‌ها و اسیدهای نوکلئیک طراحی شده است. در ابتدا در گروه شیمی فیزیک دانشگاه گرونینگن پایه‌گذاری شد و در حال حاضر توسط همکاران در دانشگاه‌ها و مراکز تحقیقاتی سراسر جهان در حال توسعه است. گرومکس یکی از سریع‌ترین و محبوب‌ترین بسته‌های نرم‌افزاری موجود است. این نرم‌افزار می‌تواند روی واحد پردازش مرکزی (CPU) و واحد پردازش گرافیکی (GPU)اجرا شود. گرومکس یک نرم‌افزار متن باز رایگان است که تحت مجوز عمومی همگانی گنو (GPL) منتشر شده است و شروع آن با نسخه ۴٫۶ تحت مجوز کمتر فراگیر همگانی گنو (LGPL)بوده است.

 

 

 

نصب Gromacs بر روی لینوکس

 

آخرین نسخه کامپایلر C و C ++  خود را دریافت کنید.

yum install gcc gcc-gfortran gcc-c++ flex tcsh zlib-devel

 

بررسی نمایید که نسخه CMake ورژن 2.8.8 یا بالاتر را داشته باشید.

cmake --version

 

 

آخرین نسخه tar از نرم افزار GROMACS را دانلود کرده و اکسترکت نمایید.

tar xfz gromacs-5.1.tar.gz

 

وارد پوشه gromacs-5.1 شده و دستور cmake را نصب کنید :

cd gromacs-5.1

yum install cmake

 

یک پوشه جدید به نام build ایجاد کرده و وارد آن شوید :

mkdir build

cd build

 

اجرای cmake با مسیر به منبع به عنوان یک آرگومان (نیاز به vpn، زیرا سایت gromacs فیلتر شده است)

cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON

 

 

make را اجرا کرده، چک کنید و سپس نصب نمایید :

Make

make check

sudo make install

 

اجرای اسکریپت GMXRC برای دسترسی به GROMACS

source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC

 

نکته  : در صورت مواجه شدن با این باگ  https://redmine.gromacs.org/issues/2117 ، فولدر  share/top/oplsaa.ff را از ورژن 2016 با فولدر موجود جایگزین کنید.