فرمت SAM یک فرمت مبتنی بر متن برای ذخیره سازی توالی های بیولوژیکی است. SAMTools ابزارهای مختلفی را برای دستکاری ترازها در فرمت SAM، از جمله مرتب سازی، ادغام، نمایه سازی و ایجاد هم ترازی در فرمتper-position ارائه می دهد.
برای نصب به سه فایل samtools ، bcftoolsو htslib نیاز دارید. توجه داشته باشید که این دو ابزار به تنهایی نیز کاربرد دارند و فایل مشترک آنها htslib می باشد.
دو روش برای نصب این ابزارها وجود دارد :
1- با استفاده از git clone
با استفاده از دستور git clone فایل های مورد نیاز را دریافت نمایید. این دستور تقریبا شبیه به wget کار می کند.
git clone —branch=develop git://github.com/samtools/htslib.git
git clone —branch=develop git://github.com/samtools/bcftools.git
git clone —branch=develop git://github.com/samtools/samtools.git
پس از انجام این کار برای هر سه ابزار یک پوشه مجزا با نام آنها ساخته می شود.
- کامپایل bcftools :
cd bcftools
make
.. cd
- کامپایل samtools :
cd samtools
make
توضیحات کاملتر را از اینجا دریافت کنید.
2- با استفاده از نسخه tar.bz2
ابتدا آخرین نسخه ها از اینجا دانلود کنید
برای مدیریت بهتر نصب ها می توانید برای برنامه یک پوشه بسازید و مراحل نصب را در مسیر انجام دهید.
cd /opt
mkdir SAM&BCFTools
cd SAM&BCFTools
فایلهای دانلود شده را در این پوشه قرار دهید
- نصب samtools :
tar -xvf samtools-1.7.tar.bz2
cd samtools-1.7
./configure —prefix=/opt/SAMTools-1.7/SAMTools-1.7-install
make
make install
با استفاده از دستور —prefix یک پوشه برای قرار گیری فایلهای نصبی در مسیر موجود تعیین می کنید (نیازی نیست که این پوشه از قبل وجودداشته باشد) که این پوشه پس از مرحله make install ایجاد می شود.
- نصب htslib :
tar -xvf htslib-1.7.tar.bz2
cd htslib-1.7
./configure —prefix=/opt/SAMTools-1.7/HTSLib-1.7-install
make
make install
- نصب bcftools :
tar -xvf bcftools-1.6.tar.bz2
cd bcftools-1.6
./configure —prefix=/opt/SAMTools-1.7/BCFTools-1.6-install
make
make install
