ورود به حساب کاربری

نام کاربری *
رمز عبور *
یاداوری

معرفی و نصب siesta

امتیاز کاربران

ستاره غیر فعالستاره غیر فعالستاره غیر فعالستاره غیر فعالستاره غیر فعال
 

علاوه بر آن که SIESTA یک نرم افزار محاسباتی است، یک متد محاسباتی کارآمد برای محاسبه ی ساختار الکتریکی و شبیه سازی دینامیک مولکولی ابتدا به ساکن مولکول ها و جامدات نیز می باشد. از دلایل راندمان بالای SIESTA استفاده از مجموعه توابع پایه ی جایگزیده و استفاده از الگوریتم های خطی مناسبی است که با توجه به سیستم مورد نظر انتخاب می شود. یکی از ویژگی های بسیار مهم این کد امکان تنظیم دقت و راندمان محاسبات در بازه ی گسترده ای است. این بازه، از محاسبات سریع اولیه تا شبیه سازی هایی با دقت بسیار بالا را شامل می شود که از نظر کیفی با سایر رهیافت های محاسباتی همچون روش توابع-تخت و روش تمام الکترونی همخوانی دارد.

فراهم شدن امکان بررسی سیستم های بزرگ به کمک روش های محاسباتی ساختار الکترونی ابتدا به ساکن فرصت های جدیدی را در بسیاری از رشته ها گشوده است. برنامه ی SIESTA که بصورت رایگان در میان دانشگاهیان توزیع شده و به برنامه ی محبوبی در میان آنان بدل گردیده، (جدای از کسانی که بصورت طبیعی به مطالعه ی ویژگی های فیزیکی و شیمیایی مواد می پردازند) بصورت فزاینده ای توسط محققان رشته های زیست شناسی، مهندسی و علوم زمین مورد استفاده قرار گرفته است. در حال حاضر چندین هزار کاربر در سراسر جهان از این برنامه استفاده می کنند و مقاله ای که روش محاسباتی SIESTA را توضیح می دهد ((J. Phys. Cond. Matt. 14, 2745 (2002) بالغ بر 4500 ارجاع تا به امروز داشته است.

ویژگی های اصلی SIESTA:

   • این نرم افزار از روش استاندارد تابع چگالی خودسازگار کوهن-شم در تقریب های چگالی جایگزیده (LDA-LSD) یا شیب تعمیم یافته (GGA)، استفاده می کند. در نسخه های جدید این نرم افزار، تابعی پیاده سازی شده که قادر به توصیف برهمکنش های واندروالس (van der Waals) می باشد.

   • این نرم افزار از شبه پتانسیل های نُرم-پایسته در فرم کاملا غیرموضعی Kleinman-Bylander استفاده می کند.

  • این نرم افزار از اوربیتالهای اتمی با پشتیبانی محدود به عنوان مجموعه ی پایه، زتای چنگانه ی و ممان زاویه ای نامحدود، قطبش و اوربیتالهای غیرجایگزیده استفاده می کند. اوربیتالهای اتمی با پشتیبانی محدود، کلید اصلی محاسبه ی هامیلتونی و ماتریس همپوشانی در عملگر (O(N می باشد.

   • برای محاسبه ی هامیلتونی و پتانسیل های همبستگی تبادلی و المان های این ماتریس ها، تابع موج الکترون و چگالی آن را در شبکه ی فضای حقیقی تصویر می کند.

SIESTA می تواند هم به صورت سریال و هم بصورت موازی (under MPI) برای اجرای محاسبات کامپایل شده و اطلاعات زیر را فراهم نماید:

   • انرژیهای کل و جزئی.

   • نیروهای اتمی.

   • تانسور تنش.

   • ممان دوقطبی الکتریکی.

   • چگالی الکترونی.

   • واهلش ساختار، تحت سلول واحدهای ثابت یا متغییر.

   • دینامیک مولکولی در دمای ثابت (Nose thermostat).

   • دینامیک سلول متغییر (Parrinello-Rahman)

   • محاسبات اسپین قطبیده (collinear or not)

   • نقاط فضای وارون.

   • چگالی حالت های جایگزیده و اوربیتالی.

   • منحنی های COOP و COHP برای آنالیز پیوندهای شیمیایی.

   • قطبش دی الکتریک.

   • ارتعاشات (phonons).

   • ساختار نواری.

از نسخه ی 3 این نرم افزار به این سو، SIESTA حامل ماژولی به نام TranSIESTA شد که امکان بررسی ترابرد بالستیک الکترون در سیستم هایی با مرز های باز را فراهم می کند. با استفاده از TranSIESTA می توان خواص ترابرد الکتریکی، مانند رسانش در بایاس صفر و نمودار I-V یک نانو ساختار را در تماس با دو الکترود با پتاسیل شیمیایی متفاوت را بررسی کرد.

 

دانلود سیستا

سیستا یک کد محاسباتی محبوب برای انجام محاسبات نظریه تابعیت چگالی شبکه ها و کلاستر های اتمی است. این کد برای انستیتو های آکادمیک رایگان است و می توان آن را از اینجادانلود کرد.

 

نصب سیستا 

در ادامه فرض می کنیم که شما:

  • در نظر دارید سیستا را روی یک workstation لینوکس نصب کنید.
  • تا حدودی با سیستم عامل لینوکس آشنا هستید.
  • در نظر دارید که سیستا را برای همه کاربران موجود در کامپیوتر خود قابل دسترس سازید.
  • می دانید که چطور به root دسترسی پیدا کنید.

وارد سیستم عامل لینوکس بر روی کامپیوتر خود شود. فایل سیستا را دانلود کنید و در مسیری که فایل دانلود شده قرار دارد ترمینال را باز کنید.

دستور زیر را وارد کنید:

 

tar -xzvf siesta-3.0-rc2.tgz

 

 سپس دستور های زیر را وارد کنید:

 

cd siesta-3.0-rc2/Obj
sh ../Src/obj_setup.sh
cd ../Src
./configure
cp arch.make ../Obj
cd ../Obj
make

 

حال برنامه در حال کامپایل شدن بر روی سیستم شما می باشد که ممکن است کمی زمان ببرد.

حال برای اینکه دستور siesta برای کاربران قابل دسترسی باشد دستور زیر را وارد کنید:

 

sudo cp siesta /usr/local/bin

 

 حال برای پاک کردن فایل های اضافی دستور زیر را وارد کنید:

 

make clean 

 

 در نهایت اگر نیاز به کد جانبی transiesta دارید برای نصب آن می توانید از دستور زیر استفاده کنید:


make transiest

 ---------------------------------------------------

منابع : سایت فیزیک محاسباتی ، nrtc.ir

 

شرکت دانش بنیان رایانش سریع هزاره ایرانیان به منظور طراحی، ساخت و گسترش کاربردهای رایانش سریع در علوم مختلف پایه گذاری شده است. این شرکت به دنبال ایجاد بستری با ظرفیت محاسباتی و ذخیره سازی بالا مبتنی بر CPU و GPU می باشد تا بتواند از آن طریق سرویسهای متعددی را به محققین، اساتید، دانشجویان تحصیلات تکمیلی و سایر علاقه مندان این حوزه ارائه نماید.

 

سایت مرتبط : " بنیاد توسعه رایانش سریع و ابری "

 

 

آخرین مقالات

کامپایل و نصب mfix-2016.1

درک عملکرد دستگاه های انرژی، محیط زیست و فرایندها...

کامپیوترهای کوانتومی: انف...

کامپیوترهای کوانتومی انفجاری در سرعت محاسبات ایجا...

رایانش مرزی یا EDGE COMPU...

در این مقاله تصمیم داریم با مفهومی به نام رایانش...

پردازش سریع تصاویر دریافت...

پردازش سریع تصاویر دریافت از راه دور (RS) در بسیار...

امنیت در مجازی سازی و رای...

مجازی سازی و رایانش ابری در رایانش ابری کامپوننت...

الگوریتم‌‌های پیش‌بین و ک...

استفاده از الگوریتم‌های پیش‌بین و هوش مصنوعی به د...

استفاده از سیستم چند عامل...

رایانش ابری یکی از راه حل های فشرده توسعه یافته بر...

۶ مهارت پر تقاضای بازار د...

متخصص دانش ابری (Cloud professional) یکی از عناوی...

جریان موازی بین منابع HPC...

چکیده انجام تجزیه و تحلیل یا تولید تصویری همزمان ب...

پردازش داده‌های جریانی در...

با ظهور وب ۲٫۰ و اینترنت اشیا، ردگیری همه نوع اطلا...

معرفی روش ها و ارائه پیشن...

چكیده محاسبات ابری یک فنآوری جدید نیست؛ بلکه روشی...

آیا فرآیند دموکراتیزه شدن...

ما وسط یک تحول تکنولوژیکی هستیم که شیوه سازماندهی...

کارکرد نظارتی و مدیریتی م...

محاسبات ابری و اینترنت اشیا به عنوان دو مبحث داغ د...

پیوند کلان داده با هوش مص...

سیستم‌های نرم‌افزاری تجاری همچون سرویس‌های ERP و...

محاسبات ابری قدرت رقابتی...

آیا فناوری دیجیتال، یک نیروی دموکراتیزه کننده است...

معماري لامبدا در مقابل مع...

معماري لامبدا تولید بی وقفه داده ها در دنیاي امروز...

زبان برنامه‌نویسی Milk سر...

زبان برنامه‌نویسی Milk که توسط دانشگاه MIT توسعه...

بیگ دیتا ، یادگیری ماشین...

سازمان‌ها گاهی اوقات به سختی تلاش می‌کنند تا با دس...

محاسبات مه چه هستند و چه...

در ابتدا همه چیز «ابر» بود، ولی حالا کلمه جدید «مه...

توسعه هوش مصنوعی مبتنی بر...

به گزارش ایسنا و به نقل از انگجت، پژوهشگران "ام.آی...

نگاهی به کاربردهای رایانش...

رایانش ابری مبحثی است که این روزها زیاد به آن پرد...

نرم افزار شبیه سازی، آنال...

دانلود CST Studio Suite: ارائه راه حل های محاسبات...

دانلود Siemens Star CCM+...

نرم افزار Star CCM یک ابزار شبیه سازی قدرتمند است...

ورود بیگ دیتا به صنعت دار...

تکنولوژی در حال ورود به صنعت داروسازی است و پیش‌بی...

چهارمین جلسه meetup: اصلا...

مهاجمان اغلب با استفاده از اشتباهات کدنویسی کوچک و...

مدیریت خصوصیات صف در کلاس...

 لیست زیر ,ویژگی های صف را نمایش می دهد : acl_grou...

AMD از رویکرد طراحی تازه‌...

AMD چند روز پیش به‌صورت رسمی از رویکرد طراحی جدیدی...

دومین جلسه meet up:مقدمه...

فهرست : توضیح مختصر از توسعه ی کلودسیم نصب کلودسیم...

نرم افزار Multiwfn

Multiwfn نرم افزاری قدرتمند برای آنالیز تابع موج ا...

بزرگترین استارتاپ‌های چین...

هوش مصنوعی و صنایع رباتیک یکی از پرطرفدارترین حوزه...

گالری تصاویر