معرفی :
TopHat برنامه ای است که readهای RNA-Seq را برای یک ژنوم صف بندی می کند تا بتواند اتصالاتexon-exon را بسازد. این برنامه بر روی Bowtie برنامه نگاشت read کوتاه فوق سریع ساخته شده است. TopHat بر روی لینوکس و OS X اجرا می شود.
نصب برنامه :
پیش نیازها
برای استفاده از TopHat شما به برنامه های زیر در PATH نیاز خواهید داشت:
o bowtie2 and bowtie2-align (or bowtie)
o bowtie2-inspect (or bowtie-inspect)
o bowtie2-build (or bowtie-build)
o samtools
از آنجا که TopHat خروجی ها را در فرمت BAM تنظیم می کند، بایستی ابزارهای SAM را دانلود و نصب نمایید. در صورت نیاز به راهنمای نصب SAMTools به اینجا مراجعه نمایید. ضمنا شما همچنین باید نسخه Python 2.6 یا بالاتر را داشته باشید.
دریافت و نصب TopHat
می توانید نسخه مورد نظر خود را برای لینوکس و OS X از اینجا دانلود کنید.
برای نصب TopHat از بسته های منبع (source package)، از حالت فشرده خارج و وارد دایرکتوری برنامه شوید :
tar zxvf tophat-2.0.0.tar.gz
cd tophat-2.0.0/
پیکربندی بسته، مشخص کردن مسیر نصب و وابستگی های کتابخانه مورد نیاز (راهنمای نحوه شروع به کار را برای جزئیات بیشتر بخوانید) :
./configure —prefix=<install_prefix> —with-boost=<boost_install_prefix> —with-bam=<samtools_install_prefix>
سرانجام ؛ ساخت و نصب TopHat :
make
make install
