نرم افزار جی‌مول (Jmol) نرم‌افزاری متن‌باز و نوشته شده با زبان جاوا برای نمایش ساختار سه‌بعدی مولکول‌های شیمیایی است که نیازی به تقویت کننده‌های سه‌بعدی برای کامپیوترهای شخصی ندارد. نرم افزار جی‌مول ساختار فیزیکی مولکول‌ها را به حالت سه‌بعدی و قابل درک تبدیل می‌کند که در آموزش، مطالعات و تحقیقات علمی و حتی خطرناک همچون آزمایش‌های شیمیایی کاربردی وسیع دارد.

این نرم‌افزار که با زبان برنامه‌نویسی جاوا نوشته شده در سیستم عامل‌های ویندوز، مکینتاش اواس، لینوکس و یونیکس قابل اجرا می‌باشد.

                                     

                                                    نمایی از مولکول طراحی شده در فضای سه بعدی توسط برنامه جی‌مل

 

این برنامه یک نرم‌افزار آزاد و متن‌باز است. مستقل بودن و قابلیت توسعه و به‌روز رسانی این نرم‌افزار مهم بوده و نیز امکان یکپارچه شدن با دیگر نرم‌افزارهای جاوا همچون بیوکلیپس و تاورنا را دارد.

یکی از ویژگی های محبوب این برنامه این است که می تواند با صفحات وب یکپارچه شود تا مولکول را به شیوه های مختلف نشان دهد. برای مثال مولکول ها می توانند به صورت مدل گلوگه و میله ، مدل فضا پرکن ، مدل نواری و غیره نشان داده شوند.

 

نرم افزار Jmol از بسیاری از فرمت های فایل مولکولی پشتیبانی می کند.

(Protein Data Bank (pdb

(Crystallographic Information File (cif

(MDL Molfile (mol

(Chemical Markup Language(CML

 

نرم افزار جی‌مول نیازمند نصب اولیه جاوا بر روی هر سیستم مکمل اجرایی می‌باشد. به طور مثال نرم افزار جی‌مول با مرورگرهای موزیلا فایرفاکس، اینترنت اکسپلورر، اپرا، گوگل کروم و سافاری سازگاری کامل دارد.

 

دانلود 

نسخه رسمی فعلی نسخه ۱۳.۰. است .

آن را می توان از SourceForge از از این این لینک دانلود کنید (. فایل zip ).

اگر به نسخه قدیمی‌تر علاقه‌مند هستید و یا یک نسخه از آن را ترجیح می‌دهید. نسخه tar.gz به صفحه دانلود Jmol مراجعه کنید.

 

 

روش نصب در لینوکس

به عنوان مثال اگر نسخه Jmol-13.2.8-full.tar.gz را دانلود نموده اید، به صورت زیر عمل کنید:

چون این نرم افزار با جاوا نوشته شده ، ابتدا jre را نصب کنید 

sudo apt-get install default-jre 

سپس فایل jmol دانلود شده را از حالت فشرده خارج نمایید

tar -xvzf Jmol-13.2.8-full.tar.gz

وارد پوشه شوید

cd jmol-13.2.8

برنامه را به حالت قابل اجرا تبدیل کنید

chmod +x

و آن را با دستور زیر اجرا کنید 

./jmol.sh

 

 

-----------------------------------------

منابع :

www.chemgroup.ir , sourceforge.net , askubuntu.com , wikipedia, jmol.sourceforge.net