ورود به حساب کاربری

نام کاربری *
رمز عبور *
یاداوری

دستورالعمل نصب Linux Binary Gaussian 09

User Rating: 0 / 5

Star InactiveStar InactiveStar InactiveStar InactiveStar Inactive
 

 

محاسبات انجام شده توسط برنامه Gaussian بر روی سیستم ها می تواند مربوط به فاز گازی و یا محلول باشد و همچنین می تواند مربوط به حالت های پایه و برانگیخته باشد. بنابراین Gaussian  می تواند به عنوان ابزاری قوی برای بررسی مکانیزم واکنش ها، سطوح انرژی پتانسیل، انرژی های برانگیخته و ... به کار رود.

به طور کلی در انجام محاسبات با نرم افزار Gaussian  باید از همان ابتدا به دو مورد زیر توجه کرد:
1- هدف اصلی از انجام محاسبه:
در این جا منظور از هدف اصلی از انجام محاسبه این است که برای سیستم مشخص کنیم که چه کاری را باید انجام دهد، زیرا برای انجام هر نوع کار محاسبه ای، باید از دستورات مخصوص به آن استفاده کرد. مثلاً برای بهینه سازی از دستور opt استفاده می شود.

2- روش محاسبه ای:
روش های محاسباتی مختلفی برای انجام محاسبه وجود دارند که قبلاً توضیح داده شده اند. البته باید توجه داشت اگر روش خاصی تعریف نشود، این نرم افزار به طور اختیاری از روش HF استفاده می کند.

این نسخه هم دارای قابلیت پردازش موازی برای سیستم های با CPU چند هسته ای است و هم سیستم هایی با مادربرد Multiprocessor. به عنوان مثال در صورت نصب بر روی یک کامپیوتر شخصی با یک CPU چهار هسته ای (Core2Quad یا QuadCore ) سرعت اجرای برنامه شما چهار برابر می شود بدون اینکه نیاز به نصب هیچ برنامه دیگری پیدا کنید و یا اطلاعات دیگری نیاز داشته باشید.

قابلیت های کلیدی نرم افزار Gaussian:
- محاسبه انرژی های مولکولی و ساختمان
- انرژی و ساختمان حالت های گذار فرکانس های ارتعاشی
- خواص ترمو شیمیایی، انرژی واکنش
- مسیر واکنش ها
- اوربیتال های مولکولی
- بارهای اتمی
- پتانسیل الکترو استاتیک و دانسیته های الکترونی
- الکترون خواهی و پتانسیل یونیزاسیون
- اجرای بسیار سریع تر محاسبات فرکانس HF وDFT
- افزوده شدن تعداد زیادی روش DFT نظیر HSE ، wB97 ، m05/m06 ، double-hybrid B2PLYP و خانواده LC
- قابلیت محاسبه ROMP3 ، ROMP4 ،ROCCSD ،  ROCCSD(T )
- قابلیت ترکیب ONIOM و PCM
- قابلیت ترکیب ONIOM و IRC
- و ...

دستور العمل نصب :

از README.BIN گرفته و اصلاح شده است و دارای نکات برجسته و جالبی است که نصب و راه اندازی را سریع می کند.

  1. بررسی کنید که نسخه های صحیح سیستم عامل و کتابخانه ها را همانطور که در فهرست پلتفرم وب سایت G09 ذکر شده است، برای سیستم خود داشته باشید.
  2. یک گروه را انتخاب یا ایجاد کنید (به عنوان مثال g09) که فایلهای Gaussian را در داخل /etc/group خواهد داشت. کاربرانی که Gaussian را اجرا خواهند کرد باید هم اکنون در این گروه باشند یا باید آن را به لیست گروه خود اضافه کنند.
  3. یک دایرکتوری را برای قرار دادن g09 و gv (برای مثال gaussian) ایجاد کنید. می توانید با استفاده از دستور زیر این کار را انجام دهید:
mkdir gaussian
  1. سی دی Gaussian را با استفاده از دستور زیر مونت کنید :
mount /mnt/cdrom 

5-  داخل سی دی، می توانید محتویات دودویی گوسین(E64_930N.TGZ) را به دایرکتوری جدیدgaussian خود کپی کنید.

6 فایل را با استفاده از دستور زیر Untar نمایید :

tar -zxvf E64_930N.TGZ
  1. مالک پوشهg09 ایجاد شده در مرحله شش را تغییر دهید :
chgrp -Rv g09 g09

8- نصب

cd g09
./bsd/install

9- محیط را برای لاگین کاربران تنظیم نمایید :

touch .login

محتویات زیر را در .login قرار دهید :

g09root=/usr/local/gaussian/
GAUSS_SCRDIR=/scratch/$USER
export g09root GAUSS_SCRDIR
. $g09root/g09/bsd/g09.profile

10- آن را در فایل .bash_profile خود قرار دهید :

source .login

تنظیم دستی TCP LINDA برای Gaussian

به منظور پیکربندی TCP Linda  برای گوسین جهت اجرای موازی بر روی گره ها، همه چیزهایی که نیاز دارید، ntsnet و فایل LindaLauncher در دایرکتوری g09 است. برای TCP Linda  به منظور کار در Gaussian، فقط مطمئن شوید که LINDA_PATH درست است.

هر یک از فایل های مورد نیاز در مسیری که در زیر در جلوی آنها نوشته شده است، یافت می شود. (مسیر پیش فرضی که در این آموزش برای نصب در نظر گرفتیم $g09root = /usr/local/gaussian/g09) 

  1. ntsnet  : $g09root/ntsnet 
  2. LindaLauncher : $g09root/linda8.2/opteron-linux/bin/LindaLauncher
  3. flc : $g09root/opteron-linux/bin/flc
  4. pmbuild : $g09root/opteron-linux/bin/pmbuild
  5. vntsnet : $g09root/opteron-linux/bin/vntsnet
LINDA_PATH=/usr/local/gaussian/g09/linda8.2/opteron-linux/

نصب خودکار برای گوسین

# cd /usr/local/gaussian/g09
# ./bsd/install

فایل .tsnet.config را در دایرکتوری خانگی خود قرار دهید.

# touch .tsnet.config

Tsnet.Appl.nodelist:
Tsnet.Appl.verbose: True
Tsnet.Appl.veryverbose: True
Tsnet.Node.lindarsharg: ssh
Tsnet.Appl.useglobalconfig: True
 

The ASTEK company has been established to provide solutions in high performance computing, data analysis, big data, and large-scale data to organizations and companies in the digital age. Services offered by the company include designing big data solutions, setting up data lakes and data warehouses, building data catalogs, data analysis, machine learning, and more.

 

hacklink al hack forum organik hit kayseri escort