English (UK)
persian 
در اینجا تعدادی از آموزش های آماده شده توسط توسعه دهندگان AMBER به زبان انگلیسی برای کمک به شما در یادگیری نحوه استفاده از مجموعه نرم افزار AMBER ارائه شده است. با کلیک بر روی عنوان هر فصل به یک صفحه جدید وارد می شوید که در آن خلاصه ای در مورد هر موضوع مرتبط با آن فصل مشاهده می کنید که با کلیک بر روی هر عنوان میتوانید محتوای کامل آموزشی رو مشاهده نمایید.
این آموزش ها به منظور ارائه مثال های مفصل از چگونگی استفاده از مجموعه نرم افزار AMBER برای انجام شبیه سازی هایی است که می تواند در یک ایستگاه کاری ساده در یک دوره زمانی مناسب اجرا شود. آنها لزوما انتخاب مطلوب پارامترها یا روش ها را برای منطقه کاربرد خاص ارائه نمی دهند.
-
Introductory tutorials
Learning the Unix Command-line
Fundamentals of LEAP
An introduction to molecular dynamics simulations with AMBER
Simulating a small fragment of DNA
Using VMD with AMBER -
Intermediate tutorials for common applications of Amber
A case study in folding Trp-Cage (advanced analysis and clustering)
Loop dynamics of the HIV-1 integrase core domain -
Creating special systems in AMBER
Simulating the Green Fluorescent Protein and building a modified amino acid residue
Setting up a system with the AMBER Lipid14 force field for bilayers and micelles
Simulation of a protein crystal
Simulation of a room-temperature ionic liquid
Material systems modeling tutorial
Using 3D-RISM to place waters -
Techniques for expedited sampling
Simple replica exchange (REMD)
Conformational equilibria of the poly-proline pentamer by Steered MD (SMD) and REMD
Using Accelerated Molecular Dynamics (aMD) to enhance sampling
Adaptive Steered Molecular Dynamics
Conformational equilibria of methyl-alpha-L-iduronic acid by basin flooding
Nudged Elastic Band (NEB) simulations -
Computing free energies in AMBER
Molecular Mechanics with a Poisson‐Boltzmann/Surface Area solvent: MM-PBSA
pKa Calculations using Thermodynamic Integration
Thermodynamic Integration using soft core potentials
Umbrella sampling: A Potential of Mean Force in alanine dipeptide Phi/Psi rotation
Free energy estimation for conformers of dialanine using EMIL
Computing binding enthalpy values
Free energy calculations with the Free Energy Workflow Tool (FEW)
Grid Inhomogeneous Solvation Theory for water thermodynamics: in Factor Xa
Computing Binding Free Energy using the Attach-Pull-Release (APR) Method
The Nonequilibrium Free Energy (NFE) Toolkit forpmemd
(Deprecated) Thermodynamic Integration using oldersandertechniques -
Trajectory analysis
An Introduction to CPPTRAJ
RMSD Analysis in CPPTRAJ
Analysis of Nucleic Acid Simulations
Introduction to Principal Component Analysis with CPPTRAJ
Combined Clustering Analysis with CPPTRAJ
Hydrogen Bond Analysis with CPPTRAJ
An Introduction to PYTRAJ
Simulating Crystals with AMBER on Jupyter notebook
Using Jupyter notebook remotely
Using NGLView for protein visualization in Jupyter notebook
Trajectory rendering and movie making with NGLView
Real time molecular dynamics simulation and visualization -
Extending the AMBER force field
Modeling a drug compound using antechamber and the Generalized Amber Force Field
Setting up a DNA-Ligand System with RESP charge fitting
(Deprecated) Building your own custom residues
Metal ion modeling with the Metal Center Parameter Builder
Generating custom force field parameters with Paramfit
Deriving Implicitly Polarized Charges inmdgx
Deriving bonded parameters withmdgx -
Modeling chemical reactions and equilibria in AMBER
Constant pH MD example: Calculating pKas for titratable side chains in Hen Egg-White Lysozyme
A simple coupled potential QM/MM/MD simulation.
Steered molecular dynamics of a proton transfer reaction
Quantum dynamical effects in liquid water: diffusion and IR spectra -
Structure refinement in AMBER
NMR Refinement of DNA and RNA Duplexes
-------------------------------------
منبع : ambermd.org
