ورود به حساب کاربری

نام کاربری *
رمز عبور *
یاداوری

ساخت GAMESS با کامپایلرهای اینتل

امتیاز کاربران

ستاره غیر فعالستاره غیر فعالستاره غیر فعالستاره غیر فعالستاره غیر فعال
 

 ساخت GAMESS با کامپایلرهای اینتل، Intel® MKL  و OpenMPI در لینوکس

 

 پیش نیازهای نرم افزار :

  1. Intel® C++ Compiler for LINUX,
  2. Intel® Fortran Compiler for LINUX,
  3. Intel® MKL,
  4. OpenMPI for Linux.

پلتفرم :

  1. IA64/x86_64.

 

نصب پیش نیازها :

1- اگر واجد شرایط برای دانلود رایگان کامپایلر Intel هستید. نسخه غیر تجاری آن را از اینجا دانلود کنید.

2- کامپایل کامپایلرهای اینتل با OpenMPI. ساختن OpenMPI را با کامپایلر Intel مشاهده کنید . اطمینان حاصل کنید که مسیر شما به درستی نوشته و سورس شده است.

 

تنظیم محیط اینتل :

من یک اسکریپت intel.sh در مسیر /etc/profile.d/ ایجاد و دستورات زیر را در آن قرار دادم :

# cd /etc/profile.d
# touch intel.sh
# vim intel.sh

 

 

ویرایش زیر را انجام دهید

export INTEL_COMPILER_TOPDIR="/opt/intel/Compiler/11.1/069"
. $INTEL_COMPILER_TOPDIR/bin/intel64/ifortvars_intel64.sh
. $INTEL_COMPILER_TOPDIR/bin/intel64/iccvars_intel64.sh

ساختن برنامه :

1. کپی / انتقال فایل tar به gamess-current.tar.gz به دایرکتوری / opt

2. فایل tar را از حال فشرده خارج کنید

# tar -zxvf gamess-current.tar.tar

 

 3- به پوشه gamess بروید

# cd gamess

4- فایل actvte.x را ایجاد کنید

# cd tools
# cp actvte.code actvte.f
# Replace all "*UNX" by " "(4 spaces with out " ") in the file actvte.f
# ifort -o actvte.x actvte.f
# rm actvte.f
# cd ..

 

5-  ایجاد رابط داده توزیع شده (DDI) با  OpenMPI:

# cd ddi
# vim compddi

 
5a- فایل compddi را ویرایش کنید

## Set machine type (approximately line 18): ##
set TARGET=linux-ia64

## Set MPI communication layer (approximately line 48): ##
set COMM = mpi

## Set include directory for OpenMPI (approximately line 105): ##
## where is mpi header "mpi.h" is located ##
set MPI_INCLUDE_PATH = '-I/usr/mpi/intel/include'

 

5b- فایل compddi را با OpenMPI کامپایل کنید

## Build DDI with OpenMPI ##
# ./compddi
# cd ..

اگر ساختن با موفقیت اجرا شود، کتابخانه libddi.a پدیدار خواهد شد. در غیر این صورت compddi.log را برای خطاها بررسی کنید.

 

6- کامپایل GAMESS :

6a- فایل  comp را ویرایش کنید

vim comp
## Set machine type (approximately line 15): ##
set TARGET=linux-ia64

## Set the GAMESS root directory (approximately line 16): ##
chdir /opt/gamess

## Uncomment (approximately line 1461): ##
setenv MKL_SERIAL YES

6b- فایل compall را ویرایش کنید

## Set machine type (approximately line 16): ##
set TARGET=linux-ia64

## Set the GAMESS root directory (approximately line 17): ##
chdir /opt/gamess

## Set to use Intel® C++ Compiler (approximately line 70): ##
if ($TARGET == linux-ia64) set CCOMP='icc'

6c- کامپایل  GAMESS :

# ./compall
# cd ..

 

7- لینک کردن GAMESS با استفاده از محصولات نرم افزاری Intel® :

7a- فایل lked را ویرایش کنید

## Set machine type (approximately line 18): ##
set TARGET=linux-ia64

## Set the GAMESS root directory (approximately line 19): ##
chdir /opt/games

## Check the  MKL environment (approximately line 511) is correct: for (x86_64)##
setenv  setenv MKLPATH `ls -d /opt/intel/mkl/*/lib/em64t`
set mklver=`ls /opt/intel/mkl`

## Set the message passing libraries in a single line (approximately line 710): ##
set MSG_LIBRARIES='../ddi/libddi.a -L/usr/local/lib -lmpi -lpthread'

 

7b- لینک کردن GAMESS

# ./lked

اگر لینک موفقیت آمیز انجام شود، فایل اجرایی gamess.00.x ظاهر خواهد شد.

 

 

8- اجرای نرم افزار

این بخش در زیر نحوه ی اجرای GAMESS را با Intel و OpenMPI توصیف میکند. برای اطلاعات بیشتر فایل ./ddi/readme.ddi. را بررسی کنید.

برای تست GAMESS از اسکریپت rungms به عنوان پایه استفاده می شود.

8a

## Set the target for execution to mpi (line 59): ##
set TARGET=mpi

## Set a directory SCR where large temporary files can reside(line 60): ##
set SCR=/scratch

## Correct the setting environment variables ERICFMT and MCPPATH (lines 127and 128): ##
setenv ERICFMT /opt/gamess/ericfmt.dat
setenv MCPPATH /opt/gamess/mcpdata

## Replace all “~$USER” by “/opt/gamess/tests”. Or by other directory. ##
## NOTE: Directory /scratch should exist. If no then create it. ##
## Replace all “/home/mike/gamess” by “/opt/gamess”. ##

## Correct the environment variables for Intel® MKL and OpenMPI (lines 948 and 953): ##
setenv LD_LIBRARY_PATH /opt/intel/mkl/10.2.4.032/lib/em64t $LD_LIBRARY_PATH
setenv LD_LIBRARY_PATH /usr/local/lib:$LD_LIBRARY_PATH.

## Correct setting environment variables to execution OpenMPI path (line 954): ##
set path=(/usr/local/bin $path)

 

حالا testcase را از دایرکتوری tests/. انتخاب و GAMESS را اجرا کنید.

$./rungms exam08

داده های خروجی در پوشه /scratch ذخیره می شود.

برای اجرای GAMESS بر روی 2 یا بیشتر process در 1 گره:

$ ./rungms exam08 00 2

 ------------------------------------------------------------------------

Ifort : Intel Fortran Compiler, also known as IFORT, is a group of Fortran compilers from Intel for WindowsOS X, and Linux

شرکت دانش بنیان رایانش سریع هزاره ایرانیان به منظور طراحی، ساخت و گسترش کاربردهای رایانش سریع در علوم مختلف پایه گذاری شده است. این شرکت به دنبال ایجاد بستری با ظرفیت محاسباتی و ذخیره سازی بالا مبتنی بر CPU و GPU می باشد تا بتواند از آن طریق سرویسهای متعددی را به محققین، اساتید، دانشجویان تحصیلات تکمیلی و سایر علاقه مندان این حوزه ارائه نماید.

 

سایت مرتبط : " بنیاد توسعه رایانش سریع و ابری "

 

 

آخرین مقالات

کامپایل و نصب mfix-2016.1

درک عملکرد دستگاه های انرژی، محیط زیست و فرایندها...

کامپیوترهای کوانتومی: انف...

کامپیوترهای کوانتومی انفجاری در سرعت محاسبات ایجا...

رایانش مرزی یا EDGE COMPU...

در این مقاله تصمیم داریم با مفهومی به نام رایانش...

پردازش سریع تصاویر دریافت...

پردازش سریع تصاویر دریافت از راه دور (RS) در بسیار...

امنیت در مجازی سازی و رای...

مجازی سازی و رایانش ابری در رایانش ابری کامپوننت...

الگوریتم‌‌های پیش‌بین و ک...

استفاده از الگوریتم‌های پیش‌بین و هوش مصنوعی به د...

استفاده از سیستم چند عامل...

رایانش ابری یکی از راه حل های فشرده توسعه یافته بر...

۶ مهارت پر تقاضای بازار د...

متخصص دانش ابری (Cloud professional) یکی از عناوی...

جریان موازی بین منابع HPC...

چکیده انجام تجزیه و تحلیل یا تولید تصویری همزمان ب...

پردازش داده‌های جریانی در...

با ظهور وب ۲٫۰ و اینترنت اشیا، ردگیری همه نوع اطلا...

معرفی روش ها و ارائه پیشن...

چكیده محاسبات ابری یک فنآوری جدید نیست؛ بلکه روشی...

آیا فرآیند دموکراتیزه شدن...

ما وسط یک تحول تکنولوژیکی هستیم که شیوه سازماندهی...

کارکرد نظارتی و مدیریتی م...

محاسبات ابری و اینترنت اشیا به عنوان دو مبحث داغ د...

پیوند کلان داده با هوش مص...

سیستم‌های نرم‌افزاری تجاری همچون سرویس‌های ERP و...

محاسبات ابری قدرت رقابتی...

آیا فناوری دیجیتال، یک نیروی دموکراتیزه کننده است...

معماري لامبدا در مقابل مع...

معماري لامبدا تولید بی وقفه داده ها در دنیاي امروز...

زبان برنامه‌نویسی Milk سر...

زبان برنامه‌نویسی Milk که توسط دانشگاه MIT توسعه...

بیگ دیتا ، یادگیری ماشین...

سازمان‌ها گاهی اوقات به سختی تلاش می‌کنند تا با دس...

محاسبات مه چه هستند و چه...

در ابتدا همه چیز «ابر» بود، ولی حالا کلمه جدید «مه...

توسعه هوش مصنوعی مبتنی بر...

به گزارش ایسنا و به نقل از انگجت، پژوهشگران "ام.آی...

نگاهی به کاربردهای رایانش...

رایانش ابری مبحثی است که این روزها زیاد به آن پرد...

نرم افزار شبیه سازی، آنال...

دانلود CST Studio Suite: ارائه راه حل های محاسبات...

دانلود Siemens Star CCM+...

نرم افزار Star CCM یک ابزار شبیه سازی قدرتمند است...

ورود بیگ دیتا به صنعت دار...

تکنولوژی در حال ورود به صنعت داروسازی است و پیش‌بی...

چهارمین جلسه meetup: اصلا...

مهاجمان اغلب با استفاده از اشتباهات کدنویسی کوچک و...

مدیریت خصوصیات صف در کلاس...

 لیست زیر ,ویژگی های صف را نمایش می دهد : acl_grou...

AMD از رویکرد طراحی تازه‌...

AMD چند روز پیش به‌صورت رسمی از رویکرد طراحی جدیدی...

دومین جلسه meet up:مقدمه...

فهرست : توضیح مختصر از توسعه ی کلودسیم نصب کلودسیم...

نرم افزار Multiwfn

Multiwfn نرم افزاری قدرتمند برای آنالیز تابع موج ا...

بزرگترین استارتاپ‌های چین...

هوش مصنوعی و صنایع رباتیک یکی از پرطرفدارترین حوزه...

گالری تصاویر