ورود به حساب کاربری

نام کاربری *
رمز عبور *
یاداوری

دستورالعمل نصب Linux Binary Gaussian 09

امتیاز کاربران

ستاره غیر فعالستاره غیر فعالستاره غیر فعالستاره غیر فعالستاره غیر فعال
 

 

محاسبات انجام شده توسط برنامه Gaussian بر روی سیستم ها می تواند مربوط به فاز گازی و یا محلول باشد و همچنین می تواند مربوط به حالت های پایه و برانگیخته باشد. بنابراین Gaussian  می تواند به عنوان ابزاری قوی برای بررسی مکانیزم واکنش ها، سطوح انرژی پتانسیل، انرژی های برانگیخته و ... به کار رود.

به طور کلی در انجام محاسبات با نرم افزار Gaussian  باید از همان ابتدا به دو مورد زیر توجه کرد:
1- هدف اصلی از انجام محاسبه:
در این جا منظور از هدف اصلی از انجام محاسبه این است که برای سیستم مشخص کنیم که چه کاری را باید انجام دهد، زیرا برای انجام هر نوع کار محاسبه ای، باید از دستورات مخصوص به آن استفاده کرد. مثلاً برای بهینه سازی از دستور opt استفاده می شود.

2- روش محاسبه ای:
روش های محاسباتی مختلفی برای انجام محاسبه وجود دارند که قبلاً توضیح داده شده اند. البته باید توجه داشت اگر روش خاصی تعریف نشود، این نرم افزار به طور اختیاری از روش HF استفاده می کند.

این نسخه هم دارای قابلیت پردازش موازی برای سیستم های با CPU چند هسته ای است و هم سیستم هایی با مادربرد Multiprocessor. به عنوان مثال در صورت نصب بر روی یک کامپیوتر شخصی با یک CPU چهار هسته ای (Core2Quad یا QuadCore ) سرعت اجرای برنامه شما چهار برابر می شود بدون اینکه نیاز به نصب هیچ برنامه دیگری پیدا کنید و یا اطلاعات دیگری نیاز داشته باشید.

قابلیت های کلیدی نرم افزار Gaussian:
- محاسبه انرژی های مولکولی و ساختمان
- انرژی و ساختمان حالت های گذار فرکانس های ارتعاشی
- خواص ترمو شیمیایی، انرژی واکنش
- مسیر واکنش ها
- اوربیتال های مولکولی
- بارهای اتمی
- پتانسیل الکترو استاتیک و دانسیته های الکترونی
- الکترون خواهی و پتانسیل یونیزاسیون
- اجرای بسیار سریع تر محاسبات فرکانس HF وDFT
- افزوده شدن تعداد زیادی روش DFT نظیر HSE ، wB97 ، m05/m06 ، double-hybrid B2PLYP و خانواده LC
- قابلیت محاسبه ROMP3 ، ROMP4 ،ROCCSD ،  ROCCSD(T )
- قابلیت ترکیب ONIOM و PCM
- قابلیت ترکیب ONIOM و IRC
- و ...

دستور العمل نصب :

از README.BIN گرفته و اصلاح شده است و دارای نکات برجسته و جالبی است که نصب و راه اندازی را سریع می کند.

  1. بررسی کنید که نسخه های صحیح سیستم عامل و کتابخانه ها را همانطور که در فهرست پلتفرم وب سایت G09 ذکر شده است، برای سیستم خود داشته باشید.
  2. یک گروه را انتخاب یا ایجاد کنید (به عنوان مثال g09) که فایلهای Gaussian را در داخل /etc/group خواهد داشت. کاربرانی که Gaussian را اجرا خواهند کرد باید هم اکنون در این گروه باشند یا باید آن را به لیست گروه خود اضافه کنند.
  3. یک دایرکتوری را برای قرار دادن g09 و gv (برای مثال gaussian) ایجاد کنید. می توانید با استفاده از دستور زیر این کار را انجام دهید:
mkdir gaussian
  1. سی دی Gaussian را با استفاده از دستور زیر مونت کنید :
mount /mnt/cdrom 

5-  داخل سی دی، می توانید محتویات دودویی گوسین(E64_930N.TGZ) را به دایرکتوری جدیدgaussian خود کپی کنید.

6 فایل را با استفاده از دستور زیر Untar نمایید :

tar -zxvf E64_930N.TGZ
  1. مالک پوشهg09 ایجاد شده در مرحله شش را تغییر دهید :
chgrp -Rv g09 g09

8- نصب

cd g09
./bsd/install

9- محیط را برای لاگین کاربران تنظیم نمایید :

touch .login

محتویات زیر را در .login قرار دهید :

g09root=/usr/local/gaussian/
GAUSS_SCRDIR=/scratch/$USER
export g09root GAUSS_SCRDIR
. $g09root/g09/bsd/g09.profile

10- آن را در فایل .bash_profile خود قرار دهید :

source .login

تنظیم دستی TCP LINDA برای Gaussian

به منظور پیکربندی TCP Linda  برای گوسین جهت اجرای موازی بر روی گره ها، همه چیزهایی که نیاز دارید، ntsnet و فایل LindaLauncher در دایرکتوری g09 است. برای TCP Linda  به منظور کار در Gaussian، فقط مطمئن شوید که LINDA_PATH درست است.

هر یک از فایل های مورد نیاز در مسیری که در زیر در جلوی آنها نوشته شده است، یافت می شود. (مسیر پیش فرضی که در این آموزش برای نصب در نظر گرفتیم $g09root = /usr/local/gaussian/g09) 

  1. ntsnet  : $g09root/ntsnet 
  2. LindaLauncher : $g09root/linda8.2/opteron-linux/bin/LindaLauncher
  3. flc : $g09root/opteron-linux/bin/flc
  4. pmbuild : $g09root/opteron-linux/bin/pmbuild
  5. vntsnet : $g09root/opteron-linux/bin/vntsnet
LINDA_PATH=/usr/local/gaussian/g09/linda8.2/opteron-linux/

نصب خودکار برای گوسین

# cd /usr/local/gaussian/g09
# ./bsd/install

فایل .tsnet.config را در دایرکتوری خانگی خود قرار دهید.

# touch .tsnet.config

Tsnet.Appl.nodelist:
Tsnet.Appl.verbose: True
Tsnet.Appl.veryverbose: True
Tsnet.Node.lindarsharg: ssh
Tsnet.Appl.useglobalconfig: True
 

شرکت دانش بنیان رایانش سریع هزاره ایرانیان به منظور طراحی، ساخت و گسترش کاربردهای رایانش سریع در علوم مختلف پایه گذاری شده است. این شرکت به دنبال ایجاد بستری با ظرفیت محاسباتی و ذخیره سازی بالا مبتنی بر CPU و GPU می باشد تا بتواند از آن طریق سرویسهای متعددی را به محققین، اساتید، دانشجویان تحصیلات تکمیلی و سایر علاقه مندان این حوزه ارائه نماید.

 

سایت مرتبط : " بنیاد توسعه رایانش سریع و ابری "

 

 

آخرین مقالات

کامپایل و نصب mfix-2016.1

درک عملکرد دستگاه های انرژی، محیط زیست و فرایندها...

کامپیوترهای کوانتومی: انف...

کامپیوترهای کوانتومی انفجاری در سرعت محاسبات ایجا...

رایانش مرزی یا EDGE COMPU...

در این مقاله تصمیم داریم با مفهومی به نام رایانش...

پردازش سریع تصاویر دریافت...

پردازش سریع تصاویر دریافت از راه دور (RS) در بسیار...

امنیت در مجازی سازی و رای...

مجازی سازی و رایانش ابری در رایانش ابری کامپوننت...

الگوریتم‌‌های پیش‌بین و ک...

استفاده از الگوریتم‌های پیش‌بین و هوش مصنوعی به د...

استفاده از سیستم چند عامل...

رایانش ابری یکی از راه حل های فشرده توسعه یافته بر...

۶ مهارت پر تقاضای بازار د...

متخصص دانش ابری (Cloud professional) یکی از عناوی...

جریان موازی بین منابع HPC...

چکیده انجام تجزیه و تحلیل یا تولید تصویری همزمان ب...

پردازش داده‌های جریانی در...

با ظهور وب ۲٫۰ و اینترنت اشیا، ردگیری همه نوع اطلا...

معرفی روش ها و ارائه پیشن...

چكیده محاسبات ابری یک فنآوری جدید نیست؛ بلکه روشی...

آیا فرآیند دموکراتیزه شدن...

ما وسط یک تحول تکنولوژیکی هستیم که شیوه سازماندهی...

کارکرد نظارتی و مدیریتی م...

محاسبات ابری و اینترنت اشیا به عنوان دو مبحث داغ د...

پیوند کلان داده با هوش مص...

سیستم‌های نرم‌افزاری تجاری همچون سرویس‌های ERP و...

محاسبات ابری قدرت رقابتی...

آیا فناوری دیجیتال، یک نیروی دموکراتیزه کننده است...

معماري لامبدا در مقابل مع...

معماري لامبدا تولید بی وقفه داده ها در دنیاي امروز...

زبان برنامه‌نویسی Milk سر...

زبان برنامه‌نویسی Milk که توسط دانشگاه MIT توسعه...

بیگ دیتا ، یادگیری ماشین...

سازمان‌ها گاهی اوقات به سختی تلاش می‌کنند تا با دس...

محاسبات مه چه هستند و چه...

در ابتدا همه چیز «ابر» بود، ولی حالا کلمه جدید «مه...

توسعه هوش مصنوعی مبتنی بر...

به گزارش ایسنا و به نقل از انگجت، پژوهشگران "ام.آی...

نگاهی به کاربردهای رایانش...

رایانش ابری مبحثی است که این روزها زیاد به آن پرد...

نرم افزار شبیه سازی، آنال...

دانلود CST Studio Suite: ارائه راه حل های محاسبات...

دانلود Siemens Star CCM+...

نرم افزار Star CCM یک ابزار شبیه سازی قدرتمند است...

ورود بیگ دیتا به صنعت دار...

تکنولوژی در حال ورود به صنعت داروسازی است و پیش‌بی...

چهارمین جلسه meetup: اصلا...

مهاجمان اغلب با استفاده از اشتباهات کدنویسی کوچک و...

مدیریت خصوصیات صف در کلاس...

 لیست زیر ,ویژگی های صف را نمایش می دهد : acl_grou...

AMD از رویکرد طراحی تازه‌...

AMD چند روز پیش به‌صورت رسمی از رویکرد طراحی جدیدی...

دومین جلسه meet up:مقدمه...

فهرست : توضیح مختصر از توسعه ی کلودسیم نصب کلودسیم...

نرم افزار Multiwfn

Multiwfn نرم افزاری قدرتمند برای آنالیز تابع موج ا...

بزرگترین استارتاپ‌های چین...

هوش مصنوعی و صنایع رباتیک یکی از پرطرفدارترین حوزه...

گالری تصاویر