ساخت GAMESS با کامپایلرهای اینتل، Intel® MKL  و OpenMPI در لینوکس

 

 پیش نیازهای نرم افزار :

1. Intel® C++ Compiler for LINUX,
2. Intel® Fortran Compiler for LINUX,
3. Intel® MKL,
4. OpenMPI for Linux.

پلتفرم :

1. IA64/x86_64.

 

نصب پیش نیازها :

1- اگر واجد شرایط برای دانلود رایگان کامپایلر Intel هستید. نسخه غیر تجاری آن را از اینجا دانلود کنید.

2- کامپایل کامپایلرهای اینتل با OpenMPI. ساختن OpenMPI را با کامپایلر Intel مشاهده کنید . اطمینان حاصل کنید که مسیر شما به درستی نوشته و سورس شده است.

 

تنظیم محیط اینتل :

من یک اسکریپت intel.sh در مسیر /etc/profile.d/ ایجاد و دستورات زیر را در آن قرار دادم :

# cd /etc/profile.d
# touch intel.sh
# vim intel.sh

 

 

ویرایش زیر را انجام دهید

export INTEL_COMPILER_TOPDIR="/opt/intel/Compiler/11.1/069"
. $INTEL_COMPILER_TOPDIR/bin/intel64/ifortvars_intel64.sh
. $INTEL_COMPILER_TOPDIR/bin/intel64/iccvars_intel64.sh

ساختن برنامه :

1. کپی / انتقال فایل tar به gamess-current.tar.gz به دایرکتوری / opt

2. فایل tar را از حال فشرده خارج کنید

# tar -zxvf gamess-current.tar.tar

 

 3- به پوشه gamess بروید

# cd gamess

4- فایل actvte.x را ایجاد کنید

# cd tools
# cp actvte.code actvte.f
# Replace all "*UNX" by " "(4 spaces with out " ") in the file actvte.f
# ifort -o actvte.x actvte.f
# rm actvte.f
# cd ..

 

5-  ایجاد رابط داده توزیع شده (DDI) با  OpenMPI:

# cd ddi
# vim compddi

 
5a- فایل compddi را ویرایش کنید

## Set machine type (approximately line 18): ##
set TARGET=linux-ia64

## Set MPI communication layer (approximately line 48): ##
set COMM = mpi

## Set include directory for OpenMPI (approximately line 105): ##
## where is mpi header "mpi.h" is located ##
set MPI_INCLUDE_PATH = '-I/usr/mpi/intel/include'

 

5b- فایل compddi را با OpenMPI کامپایل کنید

## Build DDI with OpenMPI ##
# ./compddi
# cd ..

اگر ساختن با موفقیت اجرا شود، کتابخانه libddi.a پدیدار خواهد شد. در غیر این صورت compddi.log را برای خطاها بررسی کنید.

 

6- کامپایل GAMESS :

6a- فایل  comp را ویرایش کنید

vim comp

## Set machine type (approximately line 15): ##
set TARGET=linux-ia64

## Set the GAMESS root directory (approximately line 16): ##
chdir /opt/gamess

## Uncomment (approximately line 1461): ##
setenv MKL_SERIAL YES

6b- فایل compall را ویرایش کنید

## Set machine type (approximately line 16): ##
set TARGET=linux-ia64

## Set the GAMESS root directory (approximately line 17): ##
chdir /opt/gamess

## Set to use Intel® C++ Compiler (approximately line 70): ##
if ($TARGET == linux-ia64) set CCOMP='icc'

6c- کامپایل  GAMESS :

# ./compall
# cd ..

 

7- لینک کردن GAMESS با استفاده از محصولات نرم افزاری Intel® :

7a- فایل lked را ویرایش کنید

## Set machine type (approximately line 18): ##
set TARGET=linux-ia64

## Set the GAMESS root directory (approximately line 19): ##
chdir /opt/games

## Check the  MKL environment (approximately line 511) is correct: for (x86_64)##
setenv  setenv MKLPATH `ls -d /opt/intel/mkl/*/lib/em64t`
set mklver=`ls /opt/intel/mkl`

## Set the message passing libraries in a single line (approximately line 710): ##
set MSG_LIBRARIES='../ddi/libddi.a -L/usr/local/lib -lmpi -lpthread'

 

7b- لینک کردن GAMESS

# ./lked

اگر لینک موفقیت آمیز انجام شود، فایل اجرایی gamess.00.x ظاهر خواهد شد.

 

 

8- اجرای نرم افزار

این بخش در زیر نحوه ی اجرای GAMESS را با Intel و OpenMPI توصیف میکند. برای اطلاعات بیشتر فایل ./ddi/readme.ddi. را بررسی کنید.

برای تست GAMESS از اسکریپت rungms به عنوان پایه استفاده می شود.

8a

## Set the target for execution to mpi (line 59): ##
set TARGET=mpi

## Set a directory SCR where large temporary files can reside(line 60): ##
set SCR=/scratch

## Correct the setting environment variables ERICFMT and MCPPATH (lines 127and 128): ##
setenv ERICFMT /opt/gamess/ericfmt.dat
setenv MCPPATH /opt/gamess/mcpdata

## Replace all “~$USER” by “/opt/gamess/tests”. Or by other directory. ##
## NOTE: Directory /scratch should exist. If no then create it. ##
## Replace all “/home/mike/gamess” by “/opt/gamess”. ##

## Correct the environment variables for Intel® MKL and OpenMPI (lines 948 and 953): ##
setenv LD_LIBRARY_PATH /opt/intel/mkl/10.2.4.032/lib/em64t $LD_LIBRARY_PATH
setenv LD_LIBRARY_PATH /usr/local/lib:$LD_LIBRARY_PATH.

## Correct setting environment variables to execution OpenMPI path (line 954): ##
set path=(/usr/local/bin $path)

 

حالا testcase را از دایرکتوری tests/. انتخاب و GAMESS را اجرا کنید.

$./rungms exam08

داده های خروجی در پوشه /scratch ذخیره می شود.

برای اجرای GAMESS بر روی 2 یا بیشتر process در 1 گره:

$ ./rungms exam08 00 2

 ------------------------------------------------------------------------

Ifort : Intel Fortran Compiler, also known as IFORT, is a group of Fortran compilers from Intel for Windows, OS X, and Linux